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堆肥发酵利用细菌、放线菌和真菌等微生物，在合适的人工控制条件下分解有机物，使有机废弃物逐步向较稳定的腐殖质转化。

微生物代谢有机碳并释放热量，堆体经历升温、高温和降温等阶段。不同阶段的微生物活动共同参与有机物分解与转化。

物料状况、含水量与供氧条件会影响发酵过程。设备配置需要与原料和工艺相匹配，翻堆、通风等操作应结合现场状态调整。